El futbolista firmó contrato con el Submarino Amarillo, por las próximas tres temporadas.
Layún pertenecía al Porto, equipo con el que estuvo tres temporadas, el último semestre paso por el Sevilla prestado con opción a compra, renglón que decidieron no hacer válido, lo que le dio oportunidad al Villarreal para negociar por el mexicano.
El Villarreal se ha convertido en un destino común para los mexicanos en el futbol europeo. Con la llegada de Miguel Layún, el Submarino Amarillo se lanza en el club de Primera División de las ligas más importantes del Viejo Continente que más futbolistas aztecas a contratado, renglón donde supera al PSV.
Layún será el sexto mexicano en ese equipo, el primero en llegar fue Antonio de Nigris, luego siguió Guillermo Franco, Javier Aquino y los últimos fueron los hermanos Dos Santos.